У факультативному протоколі встановлена процедура розслідування. Якщо Комітет отримує достовірну інформацію, що свідчить про серйозні або систематичні порушення державою-учасницею Факультативного протоколу якого-небудь з положень Конвенції, комітет пропонує цій державі-учасниці співробітничати у вивченні цієї інформації і з цією метою подати зауваження стосовно відповідної інформації.

З урахуванням будь-яких зауважень, які можуть бути подані відповідною державою-учасницею, а також будь-якої іншої достовірної інформації, якові має Комітет, він може доручити одному чи кільком своїм членам провести розслідування й терміново подати доповідь Комітетові. У тих випадках, коли це виправдано та за згодою держави-учасниці розслідування може включати відвідання її території.

Після вивчення результатів такого розслідування Комітет передає ці результати відповідній державі-учасниці разом з будь-якими коментарями та рекомендаціями.

Протягом шести місяців з моменту отримання результатів, коментарів та рекомендацій, направлених Комітетом, держава-учасниця подає йому свої зауваження.

Таке розслідування проводиться в конфіденційному порядку і на всіх етапах процесу передбачається звернення до держави-учасниці стосовно співробітництва.

Водночас слід зазначити, що Комітет не є судовим органом (це квазісудовий орган), оскільки процедура розгляду скарг в ньому подібна до судочинства.